大陆海协会和台湾海基会在确定协商与交流分开的原则后，陈云林这次将首度不带协商任务赴台，行程将首度跨越岛内传统蓝绿板块的浊水溪，其行程安排的最大用意，应是拉近与台湾南部民众的距离。

陈云林所率领的经贸考察团将参观台北、新北、高雄、嘉义、云林等县市的港口、科技工业园区、企业和农会。从行程安排可知，参访重点为台湾中南部，他将跨越被视为岛内传统蓝绿版图分割线的浊水溪，深入民进党主政县市。