南普院寺坐北朝南，依山面海而建，规模宏大，气势庄严，中轴线主建筑为天王殿、大雄宝 、乐途殿、大悲殿、藏经阁；其中，天王殿位于寺院中轴线的最前端前殿正中供奉笑容可掬的弥勒佛，两侧立有怒目环视的四大天王，殿后有韦陀菩萨覆掌按杵而立，威武异常。

南普陀寺的殿堂楼院随分散建于地形复杂的山坡上，又以其实际使用不同，各具形式。

游览完寺庙，就要去爬后山的五老峰，五老峰古名为五老山，位于南普陀寺后面五个山头，海拔185米，因为自西向东五座山峰凌空而立，远望如五位老髯面天盘座，丛树若须，云雾似袖，故名“五老凌霄”，是清朝评定厦门八大景之一。