全面清理景区内的摊点，净化景区的环境 景区内原有各类摊点（主要是周边村民销售旅游工艺品、纪念品、日常用品等）共162个，这些摊点在景区内对环境卫生和景观都造成一定的影响，2006年开始景区采取货币安置的形式，每年投资162万元，将景区内的摊点全面取消，减少了对景区的破坏和对环境的污染。

强化景区森林、水资源和历史遗迹的保护 武夷山景区成立资源保护专职管理队伍，并在景区各村及上游保护地带聘请护林员、协管员。加强景区日常巡护和夜间巡护制度落实，各管理中队根据保护范围实行分段、分片包干责任管理。目前,景区森林覆盖率达90%以上。对区内的森林植被抓好森林病虫害防治,定期开展虫情调研，确保景区有虫不成灾，重大病虫害发生率为“0”。武夷山景区还加强与全国高校、科研院所合作，多次组织专业人员与对景区核心保护范围内的文化古遗址、古墓葬、古建筑、摩崖石刻等进行全面调查、登记、造册，有力推动景区文物古迹的保护。

为加强九曲溪上游水资源保护，2000年,武夷山市委、市政府将九曲溪上游的两个采育场成建制划入景区统一管理，昔日伐木场成为国家森林公园，伐木工人变为景区护林员。2005年，景区在星村镇建成一座日处理污水量为2500吨的污水处理厂，从源头上解决了九曲溪流域居民生产生活污水对九曲溪的污染，确保了景区地表水质达到《地表水环境质量标准》一类。

加强环境质量监控，建立景区世遗监测中心 配备专业技术人员，专门负责对景区生态环境资源监测。先后投资200余万元，配备了大气监测仪、噪声仪等设备，设立了水文监测站、自动气象监测站、自动水位站，加强了对景区环境质量、动植物资源、气象、旅游、文化遗产等方面的监测，2002年，武夷山景区通过ISO14001国际标准化环境保护管理体系国家认证委认证。