戚继光兼任蓟镇总兵时，对蓟镇构成威胁的蒙古部落主要有三支：西部的鞑靼俺答，边墙外的朵颜、泰宁、福余三卫和东部的土蛮。自隆庆二年（1568）十二月至万历三年（1575）正月，朵颜部酋长董狐狸先后5次侵犯边关，戚继光率强大的车步骑营，将马背上的鸳鸯阵发挥得淋漓尽致。步兵与车兵配合作战，相辅相成，合为一体，与骑兵时分时合，三个兵种结合成一个完整战斗团体，攻守结合，使蒙古骑兵束手无策，每仗均打得董狐狸大败而逃。戚家军在万历三年二月，出塞追击时还活捉了董狐狸的侄子长秃，达到了使朵颜等三卫心寒胆裂的目地，彻底慑服。三月一日，董狐狸率部落头面人物240多人到喜峰口请罪，对天盟誓，子孙永远内附，世世代代不再进犯。而俺答部，由于张居正和宣大总督王崇古正确处理隆庆四年（1570）把汉那吉的投奔事件，达成“隆庆议和”，俺答表示臣服，从此再也没有进犯蓟镇。但土蛮部依然时时在觊觎着蓟镇的财富，于隆庆四年（1570）八月和万历三年（1575）四月，两次集结数万之众分别准备进攻古北口和山海关，最后都慑于戚继光的威名而没敢进犯，转而将袭扰的目标转向辽东。戚继光分别于万历七年（1579）十月和八年十月，二次率兵援助辽东，与辽东总兵李成梁配合作战，击败敌人。

蓟镇，作为北京的门户，军事地位十分重要，在戚继光之前的17年间，调换大将10人，并均因罪而去职，戚继光在蓟镇16年，蓟门宴然。继任者，随其成法，数十年间太平无事。

戚继光所著的《纪效新书》、《练兵实纪》是其军事思想的集中体现，影响巨大，广为流传。《四库全书》收集兵书20部，其中两部就是《纪效新书》和《练兵实纪》。戚继光重修的东起山海关西至居庸关长城成为中华民族的瑰宝，功高当时，誉在千秋。