更有价值的是，庙里有大量的名人题刻，人文文化含量很高。庙正中门额石刻“尚书祖庙”，遒劲雄浑，为严复所书。他题刻的庙门口两副石柱联，也为后人瞩目。正面楷书联：“入我门来，总须纳手扪心，细检生平黑籍；莫言神远，任汝穷奸极巧，难瞒头上青天。”侧面草书联：“十万家饭美鱼香，惟神之赐；百余乡风清魔伏，为民所依。”殿宇里众多的石柱联和匾额，为郭尚先、林鸿年、林则徐、沈葆桢、王仁堪、郝玉麟、陈宝琛、严复、郑孝胥、叶大庄、李厚基、萨镇冰、高稔、吴继篯、严叔夏等著名历史人物手笔，弥足珍贵。

“文革”时阳岐尚书祖庙被改做他用，受到很大破坏。上世纪90年代，阳岐乡人、知名企业家林信铨等会同各地信徒募集巨资，在福州郊区文管会的指导下，按原貌再次重修，新增建了庙前大埕两边的碑亭等建筑。庙里还新悬挂了全国政协副主席屈武题写的“民族英雄”和台湾马祖尚书公府敬献的“朝宗利济”等匾额，增添了现代人文气息。

1992年12月，阳岐尚书祖庙被列为福州郊区文物保护单位，以后又升级为市级文物保护单位。如今，又被列为省级文物保护单位。古老的阳岐尚书祖庙，成为海峡两岸民众共同拥有的爱国主义的精神圣地。