阳岐尚书祖庙位于福州市仓山区盖山镇阳岐村凤鸣山南面，为海峡两岸众多祭祀民族英雄陈文龙尚书庙的祖庙。

陈文龙(1232-1277)，南宋末年名臣、儒将，是与文天祥齐名的抗元民族英雄。原籍莆田，长乐文岭后山人，南宋咸淳四年（1268年）状元，曾官居参知政事（相当于副宰相）等职。他居官廉正，刚正不阿，关心民瘼。在南宋末年国家即将覆亡之际，与文天祥等竭力拯救危亡，最后固守兴化城，兵败被俘。被元军押送北上，途经临安（今杭州）绝食而死，葬于杭州西湖边北山葛岭南坡，诏谥忠肃，后人把他与同葬于西湖的岳飞、于谦，合称“西湖三忠肃”。他的母亲、女儿、弟弟、弟媳、族叔等也为抗元斗争先后殉难，满门忠烈，义薄云天。陈文龙后被尊为神灵，敕封为水部尚书、镇海王等，成为民众心目中的“水上保护神”。

明洪武元年（1368年），明太祖朱元璋命中书省派员到全国各地访求应祀神祇。“凡有功于国家及惠爱在民者著于祀典，令有司岁时致祭”。在定各地城隍庙祀典的名单中，有庐陵的文天祥、福州的陈文龙等。阳岐尚书祖庙就是在这时期始建的。当时，因闽江南港乌龙江峡兜江面风涛险恶，经常发生覆舟事故，来往闽南、福州的客商行旅多改从南岸西行到阴岐（今闽侯新岐）后渡到北岸的阳岐，阳岐成为南北交通要道，码头上帆樯云集，多莆仙一带的商旅，史称此码头为“化船道”或“兴化道”。为纪念莆田籍抗元英烈陈文龙，祈佑生意兴隆，平安往返，客商们就在兴化道建一小庙宇，奉祀陈文龙和同为莆田籍的妈祖娘娘。这就是陈文龙尚书庙在福州的最早起源，以后从此分炉出三四十座尚书庙，连绵不断分布在海峡两岸沿江沿海，成为维系闽台民众之间同胞情谊的重要神缘。

明天启七年（1627年），为避免闽江洪水泛滥殃及庙宇，乡人将原建在兴化道的小庙宇移至阳岐村凤鸣山之阳今址新建。庙建成后，几毁风灾火患和人为灾祸，多次重修。今庙门前大埕两边碑亭里竖立的记载各次重修情况的诸多石碑，就是该庙兴衰历史的见证。

如今的尚书庙基本框架为我国近代著名思想家、阳岐人严复奠定。1919年元月，严复亲撰《重建尚书祖庙募缘启事》，并成立董事会，主持重修工程。他亲自劝募，福建督军李厚基、省长萨镇冰、前清福州知府叶大庄和福州绅商以及分布在各地的门生故旧等都踊跃捐款，得款10多万银元。1920年元月动工，翌年夏主体工程基本落成。重修后的庙宇面积3805平方米，四面围有青灰色砖高墙，规模宏大，气势恢弘。总体布局为正面三殿堂并列，前后四进，并配有回廊、厢房及拜亭等，构成一座庞的建筑群落。中为尚书府并尊王府，并祀水部尚书陈文龙和守土尊王；左为毓麟宫，祀临水陈太后，宫后为凤鸣寺和观音阁；右为忠肃祠，俗称行乐厅，单祀陈文龙，陈列有状元船，体现水上保护神特征。该庙集中了福州一批能工巧匠建造，如石制品就出自名匠蒋源成之手，造型大方，设计精巧，精雕细琢，建筑技艺堪称一流；庙宇重檐叠宇，雕梁画栋，具有典型的清代建筑艺术风格。