基于西方普遍主义话语自身的理论缺陷，亨廷顿基于后冷战时代或者说全球化进程中历史现实的批判是有一定道理的。然而，这并不是说亨廷顿反对西方文明的普世化，赞成文化的多元化。相反，与普世主义论调的乐观态度相比，亨廷顿的“文明冲突论”则是对全球化进程中文化多元化的悲观审思。亨廷顿只看到了文化差异所带来的矛盾、冲突的一面，却对不同文化间共存、融合的一面视而不见；夸大了文化差异所带来的消极后果，并且对这种表象的冲突试图通过西方与非西方的对抗来解决。他在展现世界文化多样性的同时，对非西方文明的发展没有抱以愉快、平和的心态，却为西方文明受到的挑战感到深深的忧虑。这恰恰反映了他“西方中心主义”的实质。“文明冲突论”正是为维护和巩固西方文明在世界文明中的强势地位，提出以文化认同为基础的合作。这样就将不同文化、文明的差异性、多样性推向了冲突与斗争的前沿。

再次，从亨廷顿学术思想的脉络看，“文明冲突论”是亨廷顿对美国本土问题在全世界的投影。

在该理论提出初期，有学者认为“他的文明冲突论的起源还不在于他对国际问题的观察而在于他对国内问题的感受”⑾，他“把对美国前途的忧虑投射到全世界了。”⑿如果说这样的观点在当时只是推断的话，那么之后亨廷顿则亲自证实了这一推断。在2004年出版的《我们是谁？--美国国家特性面临的挑战》一书中，亨廷顿详尽阐述了美国国内多元文化格局对美国国家特性造成的危机局面。我们不妨由此来反观“文明冲突论”，或许能更加清楚地认识这一理论。

20世纪后期，美国国内兴起一场解构主义运动。解构主义者认为，美国不是一个人人共享共同的文化、历史和信念的民族大家庭，而是一个不同种族和不同亚民族文化的聚合物，其中所处地位不是由共同的国家特性所界定，而是取决于自己属于哪个群体。由此引起的争论涉及种族优先权、双语论、多文化主义、移民、同化、国家历史标准、英语作为语言的地位和所谓“欧洲中心论”，实际上就是关于美国国家特性问题的一场大论战。这场解构主义论战对“美国信念”、语言（英语）和盎格鲁-新教的核心文化形成了重大挑战。正如亨廷顿所言：“‘美国信念’、英语和美国核心文化所受到的种族主义、双语主义和多文化主义的挑战，以及它们引起的反击，已成为21世纪之初美国政治生活中的重要内容。”⒀然而，对于内部这场解构美国和反解构之战的结果，亨廷顿认为这在很大程度上取决于美国本土是否反复遭受恐怖主义的袭击，以及美国是否不得不在海外与自己的敌人作战。“如果外部威胁减退，解构主义者的运动就可能更来劲。如果美国持续不断地与外部敌人斗争，解构主义者的影响就会退落。如果美国受到的外部威胁不大不小，时断时续，含含糊糊，那么，对于‘美国信念’、英语和核心文化在美国国家特性和国民同一性方面应占什么地位的问题上，美国人很可能会继续陷于分裂。”⒁亨廷顿引用大量数据、例证说明美国国民身份意识在遭遇外来威胁时表现得尤为强烈，一旦外部威胁消除，国内的多元文化主义即盛行，亚民族文化冲突表现突出，这极为不利于对新教文化的认同。因此，亨廷顿认为寻找敌人是解决美国国内文化认同危机的重要途径。他引用普鲁士历史学家海因里希·冯·特赖奇克的话，“正是战争使人们结成国家。”回顾美国进行过的战争，亨廷顿认为战争或外部威胁的确使美国国民更加团结。因此，随着冷战的结束，美国失去了与自己同等地位的竞争者，一个敌人没有了，这就需要再找一个。冷战结束以来，美国似乎一直致力于寻找自己的敌人。那么，谁最可能成为美国的敌人？他最终将目标锁定在伊斯兰世界。“伊斯兰与美国的基督教和盎格鲁-新教文化在文化上的差异加重了伊斯兰构成敌人的资格。2001年9月11日，本·拉丹结束了美国对敌人的搜寻。纽约和华盛顿受到的袭击，以及随后对阿富汗和伊拉克进行的战争，还有比较笼统的‘反恐战争’，使伊斯兰好战分子成为美国21世纪的第一个敌人。”⒂