陈水扁的权力不仅在民进党内无法受到制约，台湾当前的政治制度也无法有效约束陈水扁权力的滥用，也无法让他为亲信和亲戚的贪腐行为承担相应的政治责任而下台。台湾的政治体制是一种权责不清的“双首长制”，一方面“总统”负责掌握大政方针和内外政策，有权无责；另一方面“行政院长”是日常施政的核心，承担着施政的主要责任。[v] 陈水扁上台后，虽然第一任期是少数执政，第二任期当选的正当性屡受质疑，但却能够掌握着绝对的权力，不仅行政部门的权力来源于他，立法机构也无法对他形成有效制衡和监督。这种制度上的缺陷使得陈水扁集领导权、执行权和监督权于一身，能够毫无顾忌地根据他个人的意愿进行权力分配，而不用过多考虑会受到其他方面的制衡。比如在所谓“国务机要费”的弊案中，陈水扁之所以敢于使用假发票充帐，很大程度上就是认为没有人敢彻底清查“国务机要费”的具体用途。特别是在一些重要部门的人士安排上，陈水扁毫不掩饰其中政治酬佣的意涵，而政治酬佣本身就是一种机会结构的缺陷，是一种图利行为，在某种程度上对贪腐的产生有潜在的激励作用。现代民主政治同时也是责任政治，根据台湾多家媒体所做的民调，超过六成以上的民众认为陈水扁应该为他的亲信、家人所涉及的弊案负责，超过半数民众认为陈水扁应该下台。但台湾的政治制度设计中，无论是“罢免”还是“弹劾”，都具有相当高的门槛，希冀通过制度内途径让陈水扁为弊案负责下台的可能性极低，这在某种程度上对贪腐是一种激励和纵容。

在处理贪腐弊案的过程中，司法检调部门往往是最为关键的一道防线，台湾民众也都希望检调司法部门能够独立办案，还原真相，惩处贪腐。但台湾司法体系的制度设计却存在一定的缺陷，让司法检调部门难以摆脱行政力的控制和政治力的介入。台湾的“最高检察署检察总长”过去是由“总统”直接任命，2006年1月修正通过“法院组织法”后才改为由“总统”提名、经“立法院”同意任命之。而负责“贪污防制及贿选查察事项”的调查局则隶属“行政院法务部”。陈水扁对检调高层具有的提名权、行政隶属关系都可能让检调单位受到无形或有形的压力，也让民众质疑其办案的公正性。台湾《联合报》2006年6月的民调发现，分别有59％和62％的民众质疑检调侦办“台开弊案”和“SOGO礼券案”时刻意保护陈水扁一家；55％认为弊案不可能侦办到底，多数民众对于检调不受干预、独立办案的可能性感到悲观。[vi] 在SOGO案被检方不起诉宣布终结后，根据年代电视台10月5日的民调，有51。22％的民众表示不满意。虽然吴淑珍在“公务机要费”案中被检方起诉，在一定程度上让民众感到安慰，但这并意味着司法制度的缺陷问题得以解决。因此，司法制度的缺陷一方面会影响到贪腐弊案的征办进度和结果，另一方面也会对某些有政治背景的贪腐者起不到应有的威慑效果，使他们从事贪腐活动的风险和成本降低。