1985年5月颁布的《中共中央关于教育体制改革的决定》。《决定》规定：“学校逐步实行校长负责制……学校中的党组织要从过去那种包揽一切的状态中解脱出来，把自己的精力集中到加强党的建设和加强思想政治工作上来。”《决定》颁布后，在部分高校开始进行校长负责制的试点。到1989年，全国共有130多所高等学校内部实行校长负责制的领导体制。随着1989年的政治风波，东欧剧变、苏联解体等重大事件的发生，加强党的领导又被提到重要位置。

3.党委领导下校长负责制的初步建立和形成（1990年—1999年）1990年4月召开了改革开放以来的第一次全国高等学校党建设工作会议。会议指出：“坚持党的领导，加强高校党的建设，是办好中国特色的社会主义大学的根本保证”，“总结改革开放七年以来的经验教训，我们的一个基本认识是，办好社会主义大学，党在高等学校的领导地位只能加强、改善，不能动摇、削弱”。 会议指出：“高等学校实行党委领导下的校长负责制，这是符合我国实际情况的。今后，高等学校原则上实行党委领导下的校长负责制。”这是在党的会议上第一次提出了“党委领导下的校长负责制”的命题。

1990年7月在《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》中，第一次以中央文件的形式规定“高等学校实行党委领导下的校长负责制”。 1991年5月，中共中央组织部、国家教委党组配合中央的通知下发《关于进一步加强高等学校领导班子建设的通知》。至此，党委领导下的校长负责制，在理论和制度以及实践层面上已初步形成，高校党的建设进入了健康发展的新的历史时期。党的十四届四中全会后，根据《中共中央关于加强党的建设几个重大问题的决定》精神，1995年11月中组部、中宣部和国家教委党组下发了《关于加强高等学校领导班子建设工作的若干意见》。1996年3月，中共中央下发了《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》。这是我党历史上第一个高校党的建设的法规性文件。《条例》明确规定：“高等学校实行党委领导下的校长负责制”。

1999年1月开始实行的《中华人民共和国高等教育法》，将党委领导下的校长负责制以国家法律的形式确定下来。这标志着经过十年的努力实践，党委领导下的校长负责制已基本形成。

4.党委领导下的校长负责制的发展和完善（2000年至今）

在党的十六届四中全会，胡锦涛同志指出：“党的执政能力强不强，关键在各级领导班子。”在随后召开的全国第十三次全国高校党建工作会上，专题研究了高校领导班子思想政治建设。