但征收房产税，必须考虑解决已一次性收取了70年的土地出让金问题，实践中建议逐渐抵消已付部分，特别要考虑在拍卖背景下地价大幅溢价后的出让金的抵消问题。如何折抵，也将是此项改革政策制定的一个难题。

不过，海通国际就重庆、上海两地的实施情况评估后发现，房产税对两地的政府财政收入和当地房价所产生的影响非常有限。

据了解，上海的房产税仅针对新成交住房。即已拥有至少一套住房的本地买家以及外地买家，均需在成交金额的7折基础上，支付0.4%-0.6%的税率(视成交价格而定)。根据CREIS的数据显示，尽管住房限购令空前严厉，成交总量大幅下滑，2011年上海住宅的平均售价同比仍上涨6.8%至每平方米14223元。2011年上海市住宅成交约1830 亿元，推测可征收的房产税总额低于3亿元。这在上海市2011年3430亿元的财政收入中，所占的比例不到0.1%。

重庆的房价在大城市中保持较稳定的水平，2011年亦得到延续。重庆的房产税针对主城区的所有高档住宅(约9000套)，税率介于0.5%-1.2%之间。预计2011年可征收的税款总额约为1亿-1.2亿元人民币，在当地政府财政收入(2900亿元)中也仅占极小的份额。

另一方面，2011 年上海和重庆来自土地出让金方面的收入，依然分别达到1510 亿元(同比减少16%)和820 亿元(同比上升15%)。

海通国际认为，许多人都对房产税有朝一日可取代卖地收入，成为地方政府财政收入的主要来源之一，抱有较高的预期。但从上述数据来看，如果沿用沪渝的征收方式，这一期望仍是遥不可及。

财政部财政科学研究所副所长王朝才透露称，目前财政部还在研究评估重庆、上海两地房产税征收经验，具体设计推进的时间表还不知道。

财政部财政科学研究所所长贾康建议，房产税在研究过程中，管理部门应在总结两城市试点经验的基础上，更开明地适当披露相关信息，让社会公众吃下定心丸，解决改革可能造成的人心惶惶的状态。比如，贾康认为，重庆在房产税改革过程中比上海更为激进，重庆覆盖了存量房，包括重庆辖区内几千套独立的别墅。其中，180平方米是征收房产税的界限。贾康认为，无论房产税如何设计，都要给全体社会成员有自己的住房，一个基本住房保障的空间，全社会有一个相对清晰的认识后，就可以减少人们对于这种税制改革的疑虑。